（1）背景介绍
蛋白相互作用一直是研究蛋白功能和机理的重要内容。近年来，蛋白相互作用组学越来越成为研究者们关注的热点。而亲和纯化串联质谱分析（AP-MS）是目前使用最多、最重要的蛋白相互作用研究方法。
传统的基于蛋白定性鉴定的AP-MS方法难以区分与目的蛋白特异性结合的相互作用蛋白和非特异性结合的背景蛋白。近年来，随着质谱仪器性能及非标记定量策略的发展，各种非标记定量策略被应用到AP-MS实验中，开发出了AE-MS及AP-SWATH方法策略，利用亲和富集实验组和对照组间蛋白定量信息的差异，区分相互作用蛋白与非特异性结合蛋白，从而鉴定目的蛋白高可信度的相互作用蛋白。
（2）实验流程
（3）案例分析
a.目的
通过基于非标记定量的蛋白质组学思路，结合针对内源性目的蛋白的免疫沉淀（IP）实验，比较各组IP实验中蛋白定量信息的差异，进而鉴定无病毒刺激及SeV或HSV病毒刺激条件下THP-1细胞中天然免疫相关蛋白TBK1、STING和MDA5高可信度的相互作用蛋白。
b.步骤
c.结果
本研究一共检测了11组不同条件不同目的蛋白的IP样品，每组3次重复，一共得到2237个蛋白的非标记定量信息。通过比较各组IP样品中蛋白定量信息的差异，最终鉴定到TBK1的13个相互作用蛋白，STING的31个相互作用蛋白以及MDA5的16个相互作用蛋白。随后针对这些鉴定到的相互作用蛋白进行了生物信息学分析及后续天然免疫相关的功能验证。
（4）参考文献
(1)Mapping differential interactomes by affinity purification coupled with data-independent mass spectrometry acquisition. Nature Methods 2013.
(2) Accurate Protein Complex Retrievals by Affinity Enrichment Mass Spectrometry （AE-MS） Rather than Affinity Purification Mass Spectrometry （AP-MS）. Molecular & Cellular Proteomics 2015.
(3) Quantitative Proteomics Identified TTC4 as a TBK1 Interactor and a Positive Regulator of SeV-Induced Innate Immunity. Proteomics 2018.
