目的条带鉴定
（1）产品说明
本产品提供快速的SDS-PAGE目的条带质谱定性检测服务。
本产品使用高分辨液质联用系统对目的条带进行质谱检测分析，报告反馈按照蛋白丰度排序的蛋白质鉴定列表，客户可根据蛋白丰度及蛋白分子量对目的条带进行准确定性。本产品仅作为目的条带定性和确证的质谱检测工具使用，提供真实客观的质谱检测结果，不参与具体科学问题的讨论，不对检测结果是否符合预期负责。
（2）客户提供
沿目的条带染色边沿切下长宽不超过10 mm*5 mm的目的条带，装入EP管送样即可。
（3）服务内容
1、目的条带蛋白进行还原烷基化、酶切、提取肽段等前处理实验。
基于蛋白质组学最主流的技术路线“鸟枪法”，收到目的条带后我们会进行目的蛋白的还原烷基化充分暴露酶切位点，接着使用Trypsin胰蛋白酶将目的蛋白切成肽段，经过固相萃取小柱的除盐纯化后酶切产物会经过自动进样器进入液质联用系统进行检测分析。
2、LC-MS/MS质谱检测。
LC-MS/MS检测由液相和质谱仪组成，中间由ESI离子源进行连接。液相按照洗脱梯度将混合肽段样本分离，肽段依次洗脱被离子源离子化进入质谱检测器。质谱仪按照一张质谱图几十毫秒的速度进行扫描，获得的高质量二级质谱图即可被解析成肽段序列，可作为目的蛋白被检测到的直接证据。LC-MS/MS根据液相分离梯度时长一个样本会获得几千到几十万张谱图，技术实力深厚的质谱公司通常一半以上的谱图是可以解析的高质量谱图。
3、质谱下机数据进行数据解析和数据整理。
质谱原始数据会进过专业的数据搜库软件进行数据解析，解析的过程是搜库软件会根据提交的蛋白组数据库，模拟实际实验过程进行理论酶切和理论肽段碎裂，形成理论上的二级质谱图和碎片离子对照表，根据理论谱图和实际检测谱图的比对标注实际二级质谱图，完成谱图的解析。此外我们还需要完成肽段到蛋白质的归属和数据的整理、数据质量的监控。
（4）交付结果
1、交付形式为质谱鉴定蛋白质列表。
蛋白鉴定列表每行为一个蛋白质（proteingroup），列表展示蛋白质都为该样本质谱检测鉴定到的高可信蛋白，列表按照蛋白丰度参考值（iBAQ值）进行降序排列。主要关注参数为Mw（KDa 该蛋白数据库理论分子量）和iBAQ值（该蛋白在样本中相对丰度）iBAQ [%]（该蛋白在鉴定列表中相对丰度占比）。
理想情况下蛋白列表排名第一的蛋白iBAQ值或iBAQ [%]和其他蛋白有较大差异，并且该蛋白的理论分子量和目的条带胶图位置符合，该蛋白即推荐为目的条带主成分蛋白。
2、目的蛋白序列覆盖图
序列覆盖图反映质谱检测到的肽段占据蛋白理论全长序列的比例，绿色高亮部分是本次质谱检测结果覆盖到的蛋白序列，在peptide表可以找到该部分序列的详细肽段信息。
（5）产品特点
1、快速
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谱度-目的条带鉴定 |
其他质谱公司(LC-MS/MS) |
其他质谱服务(LC-MS/MS) |
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7个工作日拿结果 |
2-3周拿回结果 |
1个月以上拿到结果 |
2、结果清晰
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谱度-目的条带鉴定 |
其他质谱公司(LC-MS/MS) |
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文件夹结构 |
按照样本管标记放置清晰明了。 |
文件夹多、逻辑混乱、找不到重点。 |
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数据列表 |
1、展示关键有用信息，可能会用到的数据无遗漏。 2、按丰度排序，重点突出。 3、辅助表头说明展示在每个数据列表旁边，方便随时可查。 |
1、无用的中间数据没有进行整理剔除，数据冗余复杂看不懂。 2、只有蛋白鉴定列表，丢失有用信息，几百个蛋白大海捞针。 3、表头大量缩写又找不到解释。 |
3、方便
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谱度-目的条带鉴定 |
其他质谱公司 |
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样本要求在送样表上，简单明了直接送样。 |
销售不专业需要反复确认，还不一定是最适合的送样方式。 |
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开具发票数据即可提前发送。 |
报账前质押数据，耽误实验进度。 |
目的条带鉴定 VS Western Blot
Western Blot在目的蛋白验证时应用非常广泛，但在假设不确定或者抗体购买不方便时，基于质谱的目的条带确证具有方便、快速、准确等优势，已经作为基础技术广泛应用于分子实验室。
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目的条带鉴定 |
WB |
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7天拿结果 |
抗体购买周期长 |
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无需假设直接给结果 |
WB阴性结果多 |
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价格透明低至698元 |
抗体成本高至1~2千 |
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定性成功率非常高 |
商业化抗体难以保证效果 |
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切胶寄样简单方便 |
实验步骤繁琐 |
4、数据丰富可信
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谱度-目的条带鉴定 |
其他公司LC-MS/MS |
MALDI-TOF/TOF |
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数据质量高 证据力度强 真实可查 |
多层外包 数据真实性存疑 |
数据质量低 可信度差 |
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数据按照丰度排序 简单明了 |
仅有蛋白列表 关键信息缺失 |
技术缺陷没有丰度信息 |
目的条带鉴定VS MALDI-TOF/TOF
目的条带鉴定基于LC-MS/MS技术路线检测分析，相对于MALDI-TOF/TOF，LC-MS/MS在数据通量、检测灵敏度、检测准确度等具有绝对优势。
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LC-MS/MS |
MALDI-TOF/TOF |
特点 |
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有在线液相分离系统 |
没有液相 |
1、 液相分离使质谱图复杂程度大幅下降，增加解析准确性。 2、 色谱峰的富集作用使质谱检测灵敏度大幅增加。 |
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ESI离子源 |
MALDI离子源 |
1、 ESI离子源使肽段多产生高价离子，杂质多为一价离子可以进行杂质排除。 2、 MALDI离子源肽段和杂质都为一价离子，无法进行杂质排除质谱检测效率降低。 |
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15分钟分析时间 |
30s分析时间 |
1、 更长分析时间具有更多谱图证据和更多数据量。 |
5、价格透明全网最低
由于采用创新性售前模式降低了售前成本，并将大部分客户都不需要的部分售后服务剥离单独收费降低了检测报价。由于较大的降低了成本最高的售前售后部分，并利用规模优势，我们可以将昂贵的基于高分辨串联质谱的蛋白组技术价格压至全网最低。
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谱度-目的条带鉴定 |
其他公司 |
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价格 |
低至698元/样本 |
1000元起/样本 |
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销售 |
价格透明 全国统一 |
价格虚高 看人报价 |
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技术实力 |
自有实验室和技术人员 |
自己不具备实验能力和售后支持 多层外包 |
（6）应用案例
A图：SDS-PAGE胶图，标注的为感兴趣的目的条带。C图：二级谱图提供目的蛋白的直接鉴定证据，证实条带Cx_9为蛋白腺嘌呤核苷酸转位酶【adenine nucleotide translocator (ADP/ATP translocase, solute carrier family 25, member 5)】
本文以同类样本进行SDS-PAGE，作者首先采用MALDI-TOF进行胶条蛋白鉴定，在大量条带中，仅有3个条带鉴定出有效蛋白（如下图左）；之后作者采用LC-MS/MS进行胶条蛋白鉴定，许多在MALDI-TOF中未能鉴定的条带得以成功鉴定（如下图右）。原因是LC-MS/MS相比MALDI-TOF进行目的条带蛋白鉴定，准确性和灵敏度更高。
