（1）背景介绍
在蛋白质组学技术出现之前，蛋白质鉴定是比较困难的。基于质谱的蛋白质组学技术出现之后，蛋白质的鉴定才变得简单、常规。SDS-PAGE电泳得到的条带，如果想要鉴定蛋白，或者确认是否为目的蛋白，都可以通过质谱方法得以实现。此外，蛋白的翻译后修饰位点（如磷酸化、乙酰化、泛素化等）也可以通过该方法进行检测。
蛋白样品经过胶内酶解为肽段后，通过电喷雾进入质谱、碎裂后，扫描得到二级质谱图，通过数据库检索就可以得到蛋白的鉴定信息和得分情况。
（2）实验流程
（3）案例分析
a.目的
鉴定实验组与对照组的差异蛋白条带。实验组与对照组相比，在高分子量区出现了一个明显的差异蛋白条带（见下图），通过切取目的条带、胶内酶解、质谱检测的方法来鉴定该未知蛋白。
b.步骤
1）SDS-PAGE分离蛋白；
2）切取目的条带（方框所示）；
3）胶内酶解蛋白并抽提肽段；
4）质谱检测；
5）数据库搜索并鉴定蛋白。
c.结果
通过质谱分析，共鉴定到15个蛋白，排名前五的蛋白如下表所示。排名第一的蛋白匹配到57个肽段，远远大于其余蛋白，且PAGE胶中该蛋白的分子量也与理论值一致。因此，判断该条带的主蛋白是D05D44，其中一个肽段的二级质谱图见下图：
质谱鉴定蛋白列表
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#
|
Accession
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Gene
|
MW.
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Peptide #
|
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1
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Q05D44
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Eif5b
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137.6kD
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57
|
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2
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P62889
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Rpl30
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12.7kD
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6
|
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3
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Q6P542
|
Abcf1
|
94.9kD
|
5
|
|
4
|
Q61584
|
Fxr1
|
76.2kD
|
3
|
|
5
|
E9Q9T8
|
Mybpc3
|
141.3kD
|
1
|
肽段的二级质谱图
参考文献
● In-gel digestion for mass spectrometric characterization of proteins and proteomes. Nature Protocols 2006.
● A proteomic analysis of ataxia telangiectasia-mutated （ATM）/ATM-Rad3-related （ATR） substrates identifies the ubiquitin-proteasome system as a regulator for DNA damage checkpoints. The Journal of Biological Chemistry 2007.
